Exploring HIV-1 lipid-interacting partners by chemical-based approaches

Resumen

Esta tesis doctoral se ha centrado en el empleo de diferentes herramientas químicas desarrolladas para el estudio de interacciones lípido-proteína y proteína-proteína en el contexto del Virus de la Inmunodeficiencia Humana de tipo 1 (VIH-1). Por un lado, se ha utilizado una sonda bifuncional, un colesterol fotoactivable marcado radiactivamente, para estudiar la posible interacción entre el colesterol de la membrana celular y la proteína Gag del HIV-1 durante la morfogénesis del virus. Se ha visto que, usando esta metodología, no parece haber una interacción directa entre Gag y el colesterol, sin embargo, se postula la existencia de una interacción indirecta entre ambos vía la proteína gp41 de la envuelta del virus. Por otro lado, se ha desarrollado un palmitoilo clickable, se ha probado su eficacia y se ha puesto a punto un protocolo de extracción de proteínas palmitoiladas basado en esta sonda, la química click y la fuerte unión entre biotina y avidina. Este protocolo se ha utilizado para la extracción de proteínas palmitoiladas a partir de partículas virales no infectivas de HIV-1 con el fin de descubrir su palmitoiloma, es decir, el conjunto de proteínas palmitoiladas que conforman el virión ya sean de origen viral o celular. Como resultado, los análisis proteómicos han demostrado la obtención de un abundante número de proteínas exclusivas de los viriones tratados con el palmitoilo clickable y que previamente se encontraban descritas en la literatura como proteínas palmitoiladas.