Genotyping and phenotyping characterisation of the phytopathogenic bacteria Erwinia Amylovora and Pseudomonas syringae

Abstract

El control de las enfermedades causadas por bacterias requiere la aplicación de métodos eficaces de detección y diagnóstico de los agentes patógenos. Asímismo, el estudio de la diversidad genética de las poblaciones bacterianas es esencial para conocer su variabilidad y evolución en campo. En esta tesis se han aplicado diversas técnicas moleculares para la identificación y evaluación de la variabilidad genética de las poblaciones de dos especies de patógenos bacterianos: Erwinia Amylovora y Pseudomonas syringae pv. phaseolicola. El primer objetivo de esta Tesis consistió en evaluar una serie de métodos de caracterización molecular para el estudio de las vías de dispersión de E. amylovora en España y para el desarrollo de marcadores moleculares que permitan la identificación de cepas. Diversas combinaciones de cebadores ISTR permitieron detectar variaciones genéticas dentro de un grupo de aislados españoles de E. amylovora. El análisis de 22 cepas de E. amylovora de diversos huéspedes y orígenes mediante la técnica de AFLP, permitió detectar cinco veces más bandas polimórficas que las producidas mediante amplificación por PCR con cuatro cebadores de secuencia arbitraria. La técnica de AFLP demostró ser la herramienta más sensible descrita hasta ahora para discriminar entre aislados de este patógeno. Asímismo,se estudiaron las bases moleculares del polimorfismo producido por siete cebadores de secuencia arbitraria, así como la capacidad de esta técnica de tipado para generar marcadores moleculares específicos de cepas de E. amylora. El análisis de 93 aislados de E. amylovora con estos cebadores reveló un número limitado de bandas polimórficas, en sólo once de los aislados. Un tercio de las bandas examinadas eran de origen plasmídico, lo que limita el valor filogenético de este tipo de análisis. Sin embargo, se obtuvieron marcadores moleculares específicos que podrían usarse para el tipad