Un enfoque cinemático para el estudio de la función de las proteínas y su aplicación a la simulación de los mecanismos moleculares

Resumen

EXTRACTO/RESUMENEsta Tesis se centra en la simulación del movimiento de las proteínas mientras estas realizan su función. El objetivo de esta Tesis es la de obtener un procedimiento de simulación biocinemático que, con una relación coste computacional/precisión aceptable, logre simular el cambio conformacional que una proteína experimenta a la hora de llevar a cabo su función. De cara a obtener un procedimiento computacionalmente económico, se ha definido un modelo cinemático de la estructura de las proteínas definiendo todos los átomos y grados de libertad representativos para el movimiento de las mismas. Los datos de partida para los procedimientos desarrollados son experimentales. Por este motivo se ha analizado la coherencia de los datos con la modelización realizada. En este sentido se han desarrollado procedimientos que producen una estructura de las proteínas más acorde con la cinemática de sólido rígido, manteniendo el sentido biológico de las mismas.Los procedimientos desarrollados para la simulación del mecanismo molecular de las proteínas hacen uso de la información aportada por la energía potencial de la proteína sin realizar minimizaciones de la misma. Esto permite reducir el coste computacional del proceso.