Genomotipificación de Camylobacter jejuni mediante microarrays de ADN

Resumen

Campylobacter jejuni es una de las principales causas de diarrea bacteriana a nivel mundial y el antecedente más común en neuropatías periféricas como el síndrome Guillain Barré y Miller Fisher. Determinar las diferentes fuentes de infección de Campylobacter ha sido un objetivo largamente perseguido por Gobiernos, Instituciones y científicos en los últimos años. A pesar de todos los esfuerzos, las contribuciones realizadas no permiten determinar con exactitud las diferentes fuentes de infección, lo cual ha dificultado el establecimiento de estrategias eficaces de control para reducir la presencia de C. jejuni en la cadena alimentaria. Más recientemente, el interés se ha volcado en la utilización del genoma completo ya que la secuenciación del mismo ha permitido el desarrollo de microarrays que permiten estudiar multitud de genes, simultáneamente. Debido a todo esto, la finalidad del trabajo fue determinar el grado de variabilidad (diversidad y/o posible plasticidad) genómica entre cepas de Campylobacter jejuni procedentes de diversas áreas geográficas y diferentes fuentes de aislamiento, al objeto de detectar posibles genes que pueda emplearse como marcadores genéticos. Para ello, nuestros objetivos específicos fueron los siguientes: 1. Determinar las condiciones experimentales más adecuadas para la hibridación en el microarray de ADN, asegurando la reproducibilidad entre ensayos, minimizando la presencia de hibridaciones cruzadas y asegurando la discriminación entre las señales de fluorescencia para los genes presentes y los ausentes o divergentes. 2. Confeccionar una colección multigeográfica de cepas de C. jejuni que incluya aislamientos no clonales, según alelos de la región SVR (Short Variable Region) del gen flaA, aislados en muestras humanas y de pollo. 3. Analizar la colección de cepas seleccionadas mediante CGH (Comparative Genomic Hybridization) utilizando microarrays de ADN (genoma universal), con el fin de encontrar posibles marcadores predictivos.4. Determinar el grado de variabilidad y estructura genética que presentan las cepas seleccionadas mediante métodos bayesianos de inferencia filogenética.