Theoretical Characterization of Pentacovalent Oxyphosphorane Intermediate Structures of the Hydrolysis of RNA catalyzed by RNase A
- José Javier López Pestaña Director
Universidade de defensa: Universidad del País Vasco - Euskal Herriko Unibertsitatea
Fecha de defensa: 25 de xuño de 2010
- Darrin M. York Presidente/a
- Eider San Sebastian Larzabal Secretaria
- Elixabete Rezabal Astigarraga Vogal
- Annik Dejaegere Vogal
- Rita Guedes Vogal
Tipo: Tese
Resumo
En el presente proyecto hacemos uso de métodos teóricos para el análisis y caracterización de los mecanismos de reacción de hidrólisis del enlace fosfodiester en moléculas de ARN, y así mismo, el análisis del proceso catalítico llevado a cabo por la enzima RNasa A. Utilizando bien métodos clásicos o métodos híbridos QM/MM caracterizamos las estructuras intermedias formadas en la reacción de hidrólisis del ARN catalizada por la RNasa A, los oxifosforanos pentacovalentes. Analizamos el estado de protonación de estos intermedios, y como varían sus interacciones con el entorno y el disolvente dependiendo de la protonación. Además tomando varias coordenadas de reacción, analizamos diferentes perfiles energéticos de este proceso catalítico y analizamos diferentes mecanismos propuestos en la formación de los intermedios oxifosforanos pentacovalentes.