Theoretical Characterization of Pentacovalent Oxyphosphorane Intermediate Structures of the Hydrolysis of RNA catalyzed by RNase A
- José Javier López Pestaña Zuzendaria
Defentsa unibertsitatea: Universidad del País Vasco - Euskal Herriko Unibertsitatea
Fecha de defensa: 2010(e)ko ekaina-(a)k 25
- Darrin M. York Presidentea
- Eider San Sebastian Larzabal Idazkaria
- Elixabete Rezabal Astigarraga Kidea
- Annik Dejaegere Kidea
- Rita Guedes Kidea
Mota: Tesia
Laburpena
En el presente proyecto hacemos uso de métodos teóricos para el análisis y caracterización de los mecanismos de reacción de hidrólisis del enlace fosfodiester en moléculas de ARN, y así mismo, el análisis del proceso catalítico llevado a cabo por la enzima RNasa A. Utilizando bien métodos clásicos o métodos híbridos QM/MM caracterizamos las estructuras intermedias formadas en la reacción de hidrólisis del ARN catalizada por la RNasa A, los oxifosforanos pentacovalentes. Analizamos el estado de protonación de estos intermedios, y como varían sus interacciones con el entorno y el disolvente dependiendo de la protonación. Además tomando varias coordenadas de reacción, analizamos diferentes perfiles energéticos de este proceso catalítico y analizamos diferentes mecanismos propuestos en la formación de los intermedios oxifosforanos pentacovalentes.