Estrategias de estudio de genómica comparativa en microorganismos con niveles de información pregenómica y complejidad génica diferentes

Resumen

En esta Tesis Doctoral se abordan diversas estrategias de estudio de genómica comparada en microorganismos con niveles diferentes de información pregenómica y de complejidad genética. Se han aportado las herramientas bioinformáticas, para afrontar los estudios de genómica comparada en organismos con grados de complejidad muy diferentes y que abarcan un espectro lo suficientemente amplio (tanto a nivel filogenético como de estudios previos a nivel pregenómico) como para ilustrar la manera de abordar este tema desde diferentes enfoques. Se afrontan este tipo de estudios teniendo en cuenta en cada caso la metodología de enfoque y las posibilidades presentes actualmente para llevarlos a cabo en lo que a recursos bioinformáticas se refiere. Se analiza también cómo procesar los datos de partida para llegar a conclusiones precisas y con significado biológico reseñable, que puedan ser exportadas a la experimentación de laboratorio. Respecto a los microorganismos con elevada cantidad de información pregenómica y estructura genética menos compleja, la estrategia que se plantea es la de aprovechar esos dos factores para hacer un abordaje más cómodo y con una mayor rapidez que el usado en los microorganismos con menor cantidad de información pregenómica. Además de los datos preexistentes sobre estos organismos, por su menor complejidad y tamaño de su material genético, están disponibles en la actualidad una serie de herramientas bioinformáticas que posibilitan rastreos y búsquedas en todo el genoma en tiempos relativamente cortos y lo que es más importante, con un grado de precisión muy elevado. Un problema diferente es el que se plantea a la hora de afrontar un estudio de este tipo en organismos con baja o nula información pregenómica y con mayor complejidad en su estructura genética. Para estos casos, las herramientas disponibles actualmente, para resolver el problema de realizar un estudio de genómica comparativa con garantías son escasas y bastante menos precisas. En estos microorganismos, al ser menor la cantidad de genes descritos experimentalmente en el laboratorio y teniendo en cuenta que las herramientas predictivas no son tan precisas (debido a la mayor complejidad genética de estos organismos) hay que intentar obtener todos los datos que faltan a nivel particular para los diferentes organismos. Para ello hay que utilizar herramientas bioinformáticas eficaces, intentando conformar bases de datos que puedan ser cruzadas entre organismos con cierta proximidad filogenéticas, para extrapolar conocimientos sobre sus genomas y así avanzar en el conocimiento sobre su genómica, proteómica y metabolómica.